Comitetul pentru Structuri Agricole şi Dezvoltare Rurală din Bruxelles a făcut câteva modificări la Programul SAPARD. Aceste modificări au constat în prelungirea termenului de aplicabilitate a prevederilor art. 16 din Acordul multianual de finanţare referitoare la aplicarea unor rate de ajutor public comunitar mai ridicate pentru proiectele din cadrul măsurilor 1.1 „Îmbunătăţirea prelucrării şi marketingului produselor agricole şi piscicole“, 2.1 „Dezvoltarea şi îmbunătăţirea infrastructurii rurale“, 3.1 „Investiţii în exploataţii agricole“ şi 3.4 „Dezvoltarea şi diversificarea activităţilor economice care generează activităţi multiple şi venituri alternative“, amplasate în zonele afectate de inundaţii în cursul anului 2005. Astfel, în urma modificării Programului, aceste dispoziţii privind dezastrele naturale excepţionale se vor aplica proiectelor amplasate în localităţile calamitate, aprobate de către Agenţia de Plăţi pentru Dezvoltare Rurală şi Pescuit până la data de 31 decembrie 2006. O altă modificare a măsurii 1.1 are în vedere eliminarea limitei de 25,6 milioane euro a contribuţiei publice pentru investiţiile în capacităţi de depozitare a cerealelor, cu păstrarea acestei limitări pentru investiţiile în capacităţi de procesare. În cadrul măsurii 3.1 „Investiţii în exploataţiile agricole“, a fost modificat plafonul maxim eligibil pentru investiţiile în exploataţii viticole, acesta crescînd de la 500.000 euro la 1.000.000 euro.