Dacă în precedentele ediţii ale Cupei României la fotbal, doar o echipă componentă a Ligii a V-a continua parcursul în faza judeţeană alături de echipele din Liga a IV-a, începând cu ediţia 2009-2010 regulamentul s-a schimbat. Astfel, după disputarea primei faze a competiţiei, echipele din Liga a V-a care au obţinut calificarea au fost "împerecheate" cu echipe din eşalonul imediat superior. În urma efectuării tragerii la sorţi, în etapa a II-a din faza judeţeană a Cupei României vor avea loc următoarele meciuri:
Flacăra Roşia - Biharea Vaşcău
Poiana Budureasa - Oţelul Ştei
CF Bihorul II Beiuş - Granitul Nucet
Vida Pomezeu - Vulturul Dobreşti
CSM Olimpia Salonta - Izvorul Cociuba Mare
Voinţa Ciumeghiu - Victoria Avram Iancu
Săgeata Auşeu - Locadin Ţeţchea
Inter Aştileu - Tricolorul Alparea
Minerul Şuncuiuş - Crişul Aleşd
Atletico Mădăras - Nova Cordău
Viitorul Popeşti - Unirea Valea lui Mihai
Termal Livada - Stăruinţa Săcueni
Viitorul Borş - Frontiera Oradea
Voinţa Cheresig - Luceafărul Oradea
Kinder Junior Oradea - Bioland Paleu
CSU Partium Oradea - Cetatea Biharia
Primele echipe vor avea statutul de gazdă.
Partidele vor avea loc în 22 aprilie, de la ora 17:00.