Anca Daniela Boagiu, ministrul integrării europene, a transmis scrisori de avertizare Agenţiilor de Dezvoltare Regională şi preşedinţilor de Consilii de Dezvoltare Regională legat de obligaţiile pe care agenţiile le au prin Protocoalele semnate cu Ministerul Integrării Europene şi cu Birourile Regionale pentru Cooperare Transfrontalieră pentru punerea în practică a programului de dezvoltare regională a României. Conform protocoalelor semnate, Ministerul Integrării Europene, în calitate de Autoritate Contractantă pentru programul PHARE Cooperare Transfrontalieră 2004-2006, a solicitat desemnarea unor reprezentanţi ai regiunilor în comisiile de evaluare a proiectelor de cooperare transfrontalieră aferente anului 2005. Agenţiile de Dezvoltare Regională nu au dat, însă, curs sarcinilor care le revin, încălcând, astfel, preverile Protocolului de Colaborare şi blocând procesul de evaluare a propunerilor de proiecte. Conform legii privind dezvoltarea regională, consiliile judeţene trebuie să finanţeze activitatea ADR-urilor, ceea ce face ca justificarea acestora (lipsa fondurilor) să nu fie întemeiată.