Ajutorul dat şefului statului de către procurorul general al României în rezolvarea crizei ostaticilor din 2005 a consolidat poziţia lui Ilie Botoş la conducerea Ministerului Public, în condiţiile în care ministrul Monica Macovei s-a exprimat de la începutul mandatului pentru destituirea lui Botoş. Răpirea jurnaliştilor români la Bagdad a fost un atu pentru Direcţia de Investigaţii a Infracţiunilor de Criminalitate Organizată şi Terorism (DIICOT), a cărei înfiinţare, propusă de Ilie Botoş încă din timpul mandatului Rodicăi Stănoiu şi realizată în perioada în care la conducerea ministerului s-a aflat Cristian Diaconescu, fusese adesea criticată. Într-un timp scurt, DIICOT a dat informaţii cu privire la Omar Hayssam, în baza cărora a şi fost arestat preventiv în dosare privind infracţiuni economice şi apoi în dosarul referitor la luarea de ostatici de la Bagdad. Ajutorul dat în criza ostaticilor a făcut ca Botoş să obţină sprijinul tacit al lui Băsescu, în pofida criticilor ministrului Macovei. Acesta a şi fost motivul pentru care Monica Macovei - care a modificat legile astfel încât să poată decapita toate conducerile PNA, DIICOT - nu a putut declanşa procedura de înlocuire a lui Ilie Botoş, în schimb nu a ratat nici un moment de a-l ataca şi de a-l acuza de prost management. De altfel, ministrul Justiţiei, Monica Macovei, susţine într-un raport de evaluare a activităţii Ministerului Public - publicat recent pe site-ul ministerului - necesitatea regândirii structurii acestei instituţii, dar şi a celei a Parchetului Înaltei Curţi de Casaţie şi Justiţie (PICCJ), prin restrângerea zonei neoperative la strictul necesar, urmând ca surplusul de posturi să fie redistribuit la alte unităţi ale Ministerului Public, care au o nevoie reală de procurori la secţiile operative. Întrebat atunci despre raportul Macovei, procurorul general Ilie Botoş susţinea că este important să se stabilească o diferenţă între management eficient şi management defectuos în sistemul judiciar, întrucât nu există criterii stabilite, astfel că Ministerul Public ar putea să fie chemat în instanţă de cei revocaţi din sistem. În acest sens, Botoş invoca principiul stabilităţii de care se bucură procurorii, astfel că, în absenţa unor criterii de eficienţă, în momentul revocării, aceştia ar putea contesta măsura în contencios administrativ. Pe de altă parte, şeful Ministerului Public a afirmat că sunt probleme legate de resurse umane şi vor trebui redistribuite posturile, subliniind că baza piramidei sistemului judiciar se află la parchetele de tribunale şi parchetele de judecătorii. Întrebat dacă se simte vizat ca urmare a raportului ministrului Justiţiei privind evaluarea activităţii Ministerului Public, procurorul general Ilie Botoş a spus: "Nimeni nu este de neînlocuit. Provin din sistem şi rămân în sistem !". Demisia lui Ilie Botoş bucură multe persoane influente, care pe parcursul mandatului său a generat stări de nemulţumire în grupurile de influenţă reclamate de nenumărate ori de preşedintele Traian Băsescu. Scandalurile între Macovei şi Botoş, tacite sau mai puţin tacite, prin intermediari sau nu, s-au ţinut lanţ încă de la începutul anului 2005. Cazul Omar Hayssam satisface orgoliul ministrului Justiţiei, întrucât scapă astfel de ultimul bastion. Căderea lui Botoş declară îndeplinită misiunea lui Macovei, al cărei scop, de la început vizibil, a fost acela de a scăpa de toate figurile din funcţiile importante din sistemul judiciar, în acest sens fiind modificate legile magistraţilor (prin adoptarea pachetului de Legi 247/2005), pentru ca ministrul Justiţiei să propună persoanele dorite de el, politizând astfel din nou numirile la parchete. Fostul preşedinte al Consiliului Superior al Magistraturii (CSM), Dan Lupaşcu, în ultima şedinţă a Consiliului, a făcut referire la o afirmaţie a Monicăi Macovei într-un restaurant, despre jocurile sale de culise. «Vă fac pe toţi !», ar fi spus Macovei, conform lui Lupaşcu, însă aceasta a negat că ar fi făcut astfel de declaraţii. Cu toate acestea, desfăşurarea evenimentelor i-a dat câştig de cauză ministrului Justiţiei.