În ultima perioadă se constată o înrăutăţire a relaţiilor dintre România şi Republica Moldova. Unul dintre evenimentele care a dus la o iritare extremă a şefului statului al Republicii Moldova, Vladimir Voronin, a fost reactivarea a trei episcopii româneşti, inclusiv a Episcopiei de Dubăsari, care are o anume autoritate şi în Transnistria.

Biserica Ortodoxă Rusă a calificat decizia drept o intervenţie brutală în spaţiul canonic rus. Trebuie amintit că Mitropolia Basarabiei, legată de Patriarhia Română, a fost înfiinţată în anul 2003, în urma deciziei Curţii Europene a Drepturilor Omului de la Strasbourg care, totodată, a sancţionat, în anul 2002, nerecunoaşterea de către statul moldovean a instituţiei bisericeşti.
Dacă situaţia creată ar fi fost doar o dispută canonică, toată afacerea ar fi putut rămâne în dezbaterea celor două biserici. Dar nu a fost să fie aşa, iar Vladimir Voronin a calificat situaţia drept agresiune la adresa Moldovei, declarând că România a agresat încă o dată statul moldovenesc şi că există cetăţeni moldoveni şi chiar preoţi care sunt plătiţi de România. Va fi interesant de văzut şi cum vor acţiona aceştia. În concluzie, este clar că preşedintele Vladimir Voroni doreşte rediscutarea deciziei Curţii Europene a Drepturilor Omului privind înregistrarea Mitropoliei Basarabiei. Trebuie spus că Mitropolia Basarabiei s-a bucurat de susţinerea instituţiilor Consiliului Europei şi în privinţa proprietăţilor ei ca biserică succesoare, precum şi în privinţa aplicării incomplete de către guvernul de la Chişinău a deciziei Curţii Europene. Este clar că autorităţiile de la Chişinău nu aveau nici cea mai mică şansă atunci când se opuneau împotriva exerciţiului deplin al libertăţii religioase. Există însă o situaţie care ar putea fi speculată cu succes de către Chişinău. Voronin susţine că în România Biserica Ortodoxă Română nu este despărţită de stat şi ca atare autoritatea sa asupra Mitropoliei Basarabiei urmăreşte alte scopuri, cum ar fi destabilizarea Republicii Moldova. Argumentul ar consta în faptul că salariile preoţilor Mitropoliei Basarabiei sunt plătite de la bugetul public şi, ca urmare, preoţii basarabeni ar fi astfel susţinuţi cu fonduri din afara graniţelor, fapt ce, în opinia liderului de la Chişinău, ar fi echivalent cu intervenţia României în problemele interne ale Republicii Moldova prin intermediul Bisericii Ortodoxe Române.

Este extrem de important ca autorităţile de la Bucureşti să nu transforme Biserica Ortodoxă Română într-un avanpost politic, pentru că dacă se va întâmpla acest lucru, atunci această strategie se va dovedi perdantă.