Conform prevederilor legale, marii contribuabili depun declaraţiile fiscale la Direcţia Generală de Administrare a Marilor Contribuabili începând cu obligaţiile aferente lunii ianuarie a anului în care aceştia devin mari contribuabili.

Prin Ordinul ANAF nr. 1023 din 20 aprilie 2017, a fost aprobată Procedura de administrare şi monitorizarea marilor contribuabili cuprinzând precizări privind: înregistrarea fiscală, administrarea grupului fiscal unic, obligaţiile declarative, soluţionarea deconturilor cu sume negative de TVA cu opţiune de rambursare, solicitarea documentelor de către marii contribuabili şi comunicarea acestora, plata obligaţiilor fiscale, compensarea şi restituirea obligaţiilor bugetare, procedura de control fiscal şi activitatea de supraveghere fiscală, monitorizare şi autorizare, îndrumare şi asistenţă, activitatea de inspecţie economico-financiară, precum şi dispoziţii tranzitorii privind soluţionarea deconturilor cu sume negative de TVA şi opţiune de rambursare, plata obligaţiilor fiscale, procedura de executare silită. Selectia/actualizarea marilor contribuabili se realizează în funcţie de criteriile de selecţie prevăzute la art. 3 şi de regulile specifice prevăzute la art. 7 din OANAF 3609/2015 privind organizarea activităţii de administrare a marilor contribuabili.

Potrivit legii, dacă marii contribuabili care au înfiinţate sedii secundare, declararea impozitului pe veniturile din salarii şi asimilate salariilor, inclusiv pentru impozitul pe venitul din salarii datorat de salariaţii care îşi desfăşoară activitatea la sediile secundare înregistrate fiscal ca plătitoare de salarii şi venituri asimilate salariilor, se face la Direcţia Generală de Administrare a Marilor Contribuabili (DGAMC). Plata obligaţiilor fiscale reprezentând impozite, taxe, contribuţii şi alte venituri fiscale, cu excepţia impozitului pe venitul din salarii aferent activităţii sediilor secundare, se efectuează de către persoana juridică mare contribuabil la Activitatea de Trezorerie şi Contabilitate Publică a Municipiului Bucureşti. Impozitul pe veniturile din salarii datorat de sediile secundare ale marilor contribuabili se achită de către acestea la Activitatea de Trezorerie şi Contabilitate Publică a Municipiului Bucureşti. În situaţia în care un mare contribuabil face plata impozitului pe veniturile din salarii datorat de sediul sau secundar, documentele de plată întocmite de contribuabilul mare în acest scop  trebuie să cuprindă, obligatoriu: codul de identificare fiscală; denumirea persoanei care face plata; contribuabilul mare care a înfiinţat sediul secundar; codul de identificare fiscală a sediului secundar pentru care se face plata. Îndrumarea şi asistenţa marilor contribuabili în aplicarea legislaţiei fiscale (asigurate de către DGAMC) se fac fie ca urmare a solicitării contribuabililor, fie din iniţiativa Fiscului central competent. Îndrumarea şi asistenţa ca urmare a solicitării marilor contribuabili se realizează în mod prioritar prin e-mail sau telefonic. Pentru asistenţa prin e-mail contribuabilii mari trebuie să completeze formularul de asistenţă existent pe site-ul ANAF. Contribuabilii mari pot solicita asistenţă telefonic Biroului central asistenţă telefonică a contribuabililor din cadrul ANAF. Îndrumarea şi asistenţa din iniţiativa Fiscului central competent se asigură atât prin elaborarea şi distribuirea de materiale de informare (ghiduri, broşuri, pliante, afişe etc.), cât şi prin orice alte mijloace care pot asigura transmiterea corespunzătoare a informaţiilor şi mesajelor.